La historia de Niños de Papel se caracteriza por la flexibilidad y la transformación. A través de nuestros años de servicio a los niños, niñas y jóvenes de Colombia, hemos formado a nuestra organización para enfrentar la realidad que viven los niños en riesgo de Colombia y poder satisfacer sus necesidades y proveer luz para el futuro.

Frente a una población creciente de niños y jóvenes luchando para sobrevivir en las calles de Colombia, en 1990 en la ciudad de Bucaramanga, el Padre Manuel Jiménez Tejerizo se unió a otros profesionales especializados que compartían el deseo común de conformar una institución que diera soluciones efectivas a los conflictos de los niños desprotegidos. Desde el principio, Niños de Papel suplía a los niños de la calle alimentación y salud, satisfaciendo necesidades básicas que carecían en el medio callejero. En Bucaramanga en 1992, Niños de Papel abrió el primero de sus muchos hogares para niños y jóvenes, brindando no solo alimentación y salud, sino también una casa y una familia.

Después de los primeros años de servicio, cuando Niños de Papel vio a muchos de sus jóvenes entrando en la etapa de la transición a la independencia personal, empezó a desarrollar talleres y capacitaciones prelaborales para facilitar la reintegración social. Para este fin, en 1995 inauguró su primer centro de capacitación y desarrollo. Durante los siguientes cuatro años, estos programas se llamarían Talleres con un Propósito, los cuales se autosostenerián y preparían a los jóvenes de Niños de Papel con la experiencia necesaria para encontrar trabajo en sus campos y crear vidas independientes reintegrados en la sociedad.

En 1997, para enfrentar la adicción a la droga que inevitablemente se le prendían a los niños y jóvenes en la calle y que inhibían su crecimiento personal y social dentro del programa, Niños de Papel inició su labor en la rehabilitación de sustancias psicoactivas. El año siguiente se fundió la Comunidad Terapéutica y después de tres años, en el 2001, este trabajo por su tratamiento innovador y efectivo contra el abuso de drogas en los niños y los jóvenes fue galardonado con el premio Reina Sofía contra las Drogas. Después del éxito con sus programas para niños y jóvenes de la calle en Bucaramanga, Niños de Papel abrió sus puertas en la ciudad de Cartagena de Indias in 1998. Entre una población de miles de niños, niñas y jóvenes que por costumbre viajan de todo el país para conocer el mar, Niños de Papel inició sus programas en Cartagena también para enfrentar los conflictos con la sociedad que amenazaban a los niños, niñas y jóvenes desprotegidos en las calles.

En el 2001, frente a la violencia continua del conflicto armado interno que vive Colombia, Niños de Papel inició un programa para proveer atención a los niños, niñas y jóvenes rescatados del conflicto armado.

Después de dar este primer paso para extenderse a otras áreas de los derechos del niño, Niños de Papel empezó a ampliar sus programas para defender y cumplir integralmente los derechos del niño, la niña y los jóvenes que sufren de varias clases de trauma y violencia, incluyendo el abandono, maltrato, abuso, pobreza extrema, embarazo precoz y abuso de drogas, además de fortalecer sus programas con niños de la calle y víctimas del conflicto armado.

Al final del año 2004, Niños de Papel entró a aboradar una nueva problemática, asumiendo la administración del centro de acogida, Casa del Menor Infractor Villa Luz en la ciudad de Montería, Colombia. Al entrar en esta nueva campo, Niños de Papel creció en su capacidad de servir a los niños, niñas y jóvenes de Colombia, de defender y cumplir sus derechos y crear alternativas para su futuro.

En los últimos años, la asociación ha venido fortaleciendo su programa de Responsabilidad Social al cual se han vinculado importantes empresas como Novartis de Colombia, Freskaleche, Olimpica, Distraves,  Icoharinas y Comertex entre otras; las cuales han adoptado como propios, diferentes programas y proyectos de atención a niños, niñas y jóvenes administrados por Niños de Papel.